2016年12月5日月曜日

一ヶ月ずつ2016年を振り返る

1月: K都大学に潜入。霊長類学を受けようとするも失敗し失意で帰る。京大で1回生がよく使う建物の配置を覚えた。1月中旬はセンター試験を受けるバイトをした。駒場で葉を拾ってそれを電子顕微鏡で観察する集中講義も受けた。
2月: 2月上旬は主題科目の単位を取りに柏キャンパスで合宿。リン脂質小胞内でタンパク質を合成する実験を行う。表参道にある銭湯「清水湯」にはまる。中旬は初ゼミの総まとめとして、アメリカで地学を学ぶ。お土産に石灰岩を持って帰る。サークルの友達とワンダーパーラーに行った。下旬にインフルエンザウイルスと推測される病原体に感染し一人暮らしで体調を崩す大変さを知った。
3月: 1ヶ月を実家で過ごす。blogを始めた。母校の高校に行ったところ、高校では私がセンター試験を受けたことが噂になっており、私が京都大学を受けようとしたのではないかと先生たちが混乱していた。
4月: キムワイプ卓球会の会長になった。JSKの人に頼んでメガホンを貸してもらったが、うまく喋れず難しいなあと思った。
5月: キムワイプ卓球の新歓に人が来すぎて大混雑し、会員規模の急激な増加に耐えられるか心配になったが、実際に入ってきた割合はかなり低かった。一二郎池で友人や見ず知らずの小学生たちとザリガニ釣りをした。
6月: K都大学にまた潜入。「京都大学の歴史」などを受け大満足で帰る。京都の仏閣も堪能した。知るカフェ京大前店に何度も通った。「京都府警は謝罪しろ」看板の前で記念写真を撮った。
7月: テストに向け常微分方程式の知識を大急ぎで詰め込んだ。新国立美術館によく行った。成人したので初めて飲酒した。初めて選挙に行った。週2でゴーヤを食べた。アメリカで手に入れた石灰岩を塩酸に浸して溶かした。1号館の地下に侵入することに成功した。
8月: 一ヶ月を実家で過ごしつつ、教習所に通い卒業した。おじいちゃんっ子なので祖父の体をよくいたわった。
9月: 免許を取得し、同クラとイタリアを旅行し、高校同期と東京を観光し、16号館での学科生活も始まった。イタリアではお腹を壊し水の怖さを思い知った。ミラノの路面電車はかわいらしく、石畳の街並みも美しかった。東京観光では、東京都庁の展望台で貼ってあった2020東京五輪のポスターの前で、佐野研二郎のポーズをとって記念撮影をしたのが印象的。
10月: さんまを合計10匹くらい食べた気がする。駒場祭に向け、裏で色々と準備を進める。アメリカで手に入れた石灰岩を溶かして出来た溶液を定性分析した。
11月: K都大学にまたまた行った。今度は教授にちゃんと許可も取り、興味深い話を聞けて大満足で帰る。キムワイプ卓球PRのため六義園でキムワイプとともに紅葉のライトアップを撮影したが、カップルの多い中一人キムワイプを掲げるのは少々恥ずかしかった。キムワイプ卓球会世代交代後初となる駒場祭も、なんとかグダグダにならずにやりきることができた。
12月: クラスコンパ、キムワイプ卓球会打ち上げと宴会続き。2016年中に見ておかなければと思っていた「君の名は。」を見たところ想定以上に面白く、小説版も買う。映画館で見る映画の価値を再認識し、「シン・ゴジラ」も見る。28日からは18きっぷとフェリーで松山市。回収前に道後温泉本館に入ることができ、誘ってくれたサークルの友達に感謝。

2016年12月4日日曜日

Arduous Learning of English for a Science Student (Appendix)

リンク:
Arduous Learning of English for a Science Student (1)
Arduous Learning of English for a Science Student (2)
Arduous Learning of English for a Science Student (3)
Arduous Learning of English for a Science Student (4)
Arduous Learning of English for a Science Student (5)

以下に実際に私が書いた論文を載せる。 ちなみに、73点と評価された。


The difference of the effect of promoting senescence among apple parts

Introduction
It is well known now that ethylene is very important hormone that has various functions in plants (Lelièvere, Jones, Bouzayen, & Pech, 1997). Especially, the production of ethylene has been studied in terms of management of fruit storage (Ketsa, Chidtragool, Klein, & Lurie, 1999 and Riov & Yang, 1982). Ethylene can affect other vegetable and can mature them. Hodge & Forney (2000) found that the more ethylene gas the air around stored apples contains, the more severely they suffer from oxidation.
Some study to determine where vegetables or fruits produce ethylene is already done. Wang & Adams (1980) found that chilled cucumber’s skin tissue had more ACC, which plays important part in ethylene production, than cortex tissue. In addition, as for kiwi fruit, skin produced much more ethylene than any other part (Agar, Massantini, Hess-Pierce, & Kader, 1999).
The amount of ethylene produced under certain environment was different among fruits and vegetables. For example, the reaction to temperature was different among apples, tomatoes and digitatum (Mattoo, Baker, Chalutz, & Lieberman, 1977). ? Thus it is meaningful to study the case of apple. Ethylene synthesis of apple is more active when enough O2 exists (Lieberman & Kunishi, 1966). Therefore we hypothesized that apples have ethylene synthesis system in skin rather than in core so that they can get enough air efficiently.

Method

Apples

Jonagold was chosen for this study because it produces relatively large amount of ethylene (Yoshioka, Aoba, & Fukumoto, 1989). One apple at commercial maturity was used in this experiment.
The apple was cut into pieces with a knife and the pieces were categorized into three groups: skin, flesh, and core. The pieces of each category were grated into paste to arrange the condition of surface area to the same and because wounding enhances ethylene production (Yu & Yang, 1980).

Procedure

Three Ziplocs were kept in a refrigerator at 0.7ºC for a week. Each bag had 20g of apple paste of three different categories in a small container made from a plastic bottle. The mouths of Ziplocs were kept fastened.
Three pieces of a leave of spinach commercially available was put in each Ziploc. The leaves were chosen so that the sum of the weight of the three is 4.2g. The leaves were put out and taken photo of every night at 0:00 a.m. The speed of the change of their color could be seen as an index of the ethylene amount of each apple paste produced.
 The color of a leave was analyzed with Image J. Leaves of Spinach turn yellow when they get old according to the consumption of sugar [Hisaka, 1989]. So the color can be seen as an index of senescence. The scope of leaves was selected and the mean score of RGB value of the area was calculated.

Result


The experiment was stopped 4 days after the start because the leaves had much fungus on them.
No significant change of color in all situations (Figure 1~4, 95% of confidence interval). However, leaves with skin tended to lose its green color and gain red color rather than leaves with flesh or core. Compared to the controlled group, no other group was likely to lose its green color more remarkably.

Figure 1 The change of each color element of leaves with apple skin in 4 days. Blue bars show the mean of the strength of each color of the three leaves measured on the first day. Red bars show the value of 4th day.

Figure 2 The result on leaves with apple flesh.

Figure 3 The result on leaves with apple core.

Figure 4 The result on leaves with nothing.

Discussion

 There is no statistically trustworthy evidence on the effect of ethylene. However, this result still contains some suggestions. Yellow color is a combination of red and green. In controlled group, there was little change in red color but there seems to be slight decrease in green color. The green color is probably lost by itself as time passes, while red color was held through 4 days. In this view point, the index of ethylene production may be red color, and it is suggested that core produced ethylene most, although we could not find any explanation of the reason for the increase of green color.
 We lacked enough leaves so we could not gain data that is trustworthy, and another experiment using sharper index is needed to prevent precedence of generation of fungus over senescence.

References

Agar, I. T., Massantini, R., Hess-Pierce, B., & Kader, A. A. (1999, May). Postharvest CO2 and Ethylene Production and Quality Maintenance of Fresh-Cut Kiwifruit Slices. Journal of Food Science, 64(3), 433-440.
Hisaka, H. (1989). A relation of Change in Appearance to Cjanges in Sugar Content and Respiration Rate in Spinach during Storage. Nippon Shokuhin Kogyo Gakkaishi, 36(12), 956-963.
Hodge, D. M., & Forney, C. F. (2000, March). The effects of ethylene, depressed oxygen and elevated carbon dioxide on antioxidant profiles of senceing apinach leaves. Journal of Experimental Botany, 51(344), 645-655.
Ketsa, S., Chidtragool, S., Klein, J. D., & Lurie, S. (1999, January). Ethylene synthesis in mango fruit following heat treatment. Postharvest Biology and Technology, 15(1), 65-72.
Lelièvere, J. M., Jones, A. L., Bouzayen, M., & Pech, J. C. (1997, December). Ethylene and fruit ripening. Physiologia Plantarum, 101(4), 727-739.
Lieberman, M., & Kunishi, A. (1966, March). Stimulation of Ethylene Production in Apple Tissue Slices by Methionine. Plant Physiology, 41(3), 376-382.
Mattoo, A. K., Baker, J. E., Chalutz, E., & Lieberman, M. (1977, June). Effect of temperature on the ethylene-synthesizing systems in apple, tomato and Penicillium digitatum. Plant and Cell Physiology, 18(3), 715-719.
Riov, J., & Yang, S. F. (1982, March). Autoinhibition of Ethylene Productioni n Citrus Peel Discs. Plant Physiology, 69(3), 687-690.
Wang, C. Y., & Adams, D. O. (1980, November). Ethylene Production by Chilled Cucumbers (Cucumis sativus L.). Plant Physiology, 66(5), 841-843.
Yoshioka, H., Aoba, K., & Fukumoto, M. (1989). Relationships between qualitative and physiological changes during storage and maturation in apple fruit. Journal of the Japanese Society for Horticultural Science, 58(1), 31-36.
Yu, Y. B., & Yang, S. F. (1980). Biosynthesis of Wond Ethylene. Plant Physiology, 66(2), 281-285.

Arduous Learning of English for a Science Student (5)

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Arduous Learning of English for a Science Student (1)
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Arduous Learning of English for a Science Student (3)
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[前回のあらすじ]
ALESSが終わった。

最初はALESSに意欲的だったはずなのに、なぜあのような結末に終わってしまったのだろうか? あのALESS体験から1年以上経過した今、考える。
「ALESSは英語を学ぶ授業であってScienceを学ぶ授業ではない」という意見を、ある学生から聞いたことがある。ALESSでは論文の構造分析、Academic Writing、文献の引用方法など英語に関することについては指導が手厚い一方で、既存文献の理解の仕方、実験の立て方、考察の仕方などScience側に関することは指導が手薄になっている(*1)。実のところ、Science側に属することはいい加減でも減点されない。引用している論文を完全に誤読していたところで誰が気づく訳でもなければ、考察が科学的におかしかったところでさりとて問題にならない。極端なことを言えば、数値を捏造しても構わない。
捏造まではしないにしても、できるだけ簡単に終わる実験をし、Science的なことは手を抜いて、その分引用文献の数を稼いだり洗練された英文を書いたりすることに力を注ぐ、というのがALESSの賢い受け方だったのである。私はALESSが終わってからこのことに気づかされた。
思えば、私はこの点からいって無駄な苦労をしすぎている。論文が読めなかったことに始まり、実験ではやたらと試行錯誤を繰り返すことになった挙句、考察が書けないという問題を抱えた(*2)。これらの問題を学生が抱えたところで、適切な助言は与えられない。したがって大した教育的効果もない。ALESSが終わったときは確かに"Hard but useful"だったのかな、とも思っていた。しかし最近では、私はただただ無駄に苦労しただけだったのではないか(*3)と感じるようになってきた。
身になる苦労ならまだしも、学生を徒らに疲弊させる苦労は消し去るべきである。では東京大学はこの問題にどう対処すべきだろうか?ここでは、3通りの案を提示してみたい。

1)ALESSを廃止する。
一番確実な方法といえよう。問題を根本から絶つ方法である。
2)入試を変える。
アドミッションポリシーに「言外の意味も読み取ることで何が求められているのかを的確に見抜き、現代社会をしたたかに生きていけるような人物を求める」という具合の内容を明記し、入試も空気を読むことを求めるものにする。入試における情報戦のウェイトを上げる。化学などの問題では、教科書にないが解くのに必要な知識はリード文で与えられるが、これも全廃して理不尽にする。東京大学入学後の生活で苦労するような人に与える合格通知などない。ALESSでもビクともしないような人こそ、東京大学の求める人物像なのだ。
3)「初年次ゼミナール理科」と連携or統合する。
「初年次ゼミナール理科」は2015年度入学理科生から開始された授業で、「新1年生が基礎的な学術スキルを身につけることをめざした少人数制必修授業」(*4)と位置付けられている。「初年次ゼミナール理科」では、選択したテーマに基づいて、教員やTAの指導を受けながら、グループでの共同学習及びプレゼンテーションやレポートによる発表を行うことによって、サイエンティフィック・スキルを身につけることが目的である。その内容は教員によって多岐に渡っており、私はアメリカの地質構造について文献を読んで考える授業を取っていたが、相対性理論について議論する授業やフィールドワークから生物多様性を分析する授業を取っていた友人もいた。
興味深い授業ではあったが、内容が多岐に渡っている分、必修とする意味は薄いのではないかと感じていた。実質、取らなければいけない主題科目(*5)が一つ増えただけではないか、と。そこで、英語で論文を一本書くという共通の目標を導入するのは悪くないのではないかと考える。
前述の通り、ALESSにはscienceの観点からのサポートが欠けている。「サイエンティフィック・スキルを身につけることが目的」とされる初ゼミとうまく連携すれば、論文の内容面も担保できるのではないか。そもそも、初ゼミでは「プレゼンテーションやレポートによる発表」をすることになっているが、これはALESSでもやることである。わざわざ学生に二つの発表を課すより、一つにまとめてしまう方が合理的だろう。
「初年次ゼミナール理科」の協力が得られれば、文献を探すこと、実験計画の立案、考察の仕方などについても知識のある教員やTAと議論できることになる。特に物理系では、実験を行うのが難しいテーマもあるだろうが、コンピューターシミュレーション(*6)などの手もある。あるいはreviewの投稿を認めてもよさそうだ。地震の解析をする初ゼミがあったように、データは教員が用意することも考えられる。
現状のALESSは、「興味のあるテーマを選択する」という建前で実施されているものの、実際に学生が選ぶテーマは心理系・生物系に偏っている(*7)。初ゼミと連携させる案は、テーマの多様性拡大にもつながると考えている。

いかがだっただろうか。個人的には、1案が最もよいと思う。(終わり)

(*1)これらは授業や予習ビデオでも扱われることはない。指導はALESS-labに丸投げであるが、大混雑であるし大した助言はない。
(*2)こうした問題に時間をとられる一方、発表や出席には失敗した。進振りで点数が重要な意味を持つ東京大学にあってはよろしくないことである。
(*3)現在、Advanced ALESSという授業を取っているが、この授業では実験を行わず、研究の提案のみを書く。これはただただ英語がキツい授業である。既存の文献の理解など、Science部分は東大の教員(特に駒場の教員)に適宜メールして質問することになっている。ただ、このシステムを必修のALESSでやると、駒場の教員が多数届くメールへの対応に追われることになると思われる。
(*4) http://www.komex.c.u-tokyo.ac.jp/archives/1837
(*5)授業の区分の一つで、分野横断型リレー講義や少人数のゼミが分類される。
(*6)コンピューターシミュレーションでALESS論文を書いた人はすでにいる。銀河系の形成についての論文だった。
(*7)ALESSの教員もほとんどが心理系か生物系を専門としている。

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Arduous Learning of English for a Science Student (5)
Arduous Learning of English for a Science Student (Appendix)

Arduous Learning of English for a Science Student (4)

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[前回のあらすじ]
実験をしたがうまくいかなかった。

葉はあまり黄色くならずにカビてしまった。一体何が良くなかったのだろうか?私とA君は話し合って、次の2点を変更することにした。
①常温保管をやめる。Ziplocは冷蔵庫にしまう。
②リンゴを擦り下ろさない。「傷つく」どころではなく細胞が壊れるとホルモンの生産も止まってしまうのではないかと考えた。

ALESSに取り組む学生を支援するため、東大にはALESS-labという組織がある。ALESS-labでは、ALESSの実験に使う器具を貸してくれたり、備え付けの実験器具を予約で使わせてくれたりする。前回の実験の時は大変混雑していて断念したのだが、今度は以前よりも空いていたため、ALESS-labの部屋で実験準備を行うことができた。これにより我々は公園の不審者にならずに済んだ。
大学にリンゴを持ってきて、昼休みに2人で集まってカットし、皮,果肉,芯に分け、それらのブロックを20gずつ取りZiplocに入れた。これで昼休みは潰れたが、ともかく実験を再開することができた。
ところが、今度は1週間ほど経っても葉の色が変化しなかった。ただ葉はしおれるのみだった。我々は3度目の実験が必要だと感じた。

再びALESS-labを訪れた我々は、ついに糖度計を借りることができた(*1)。喜び勇んだ我々は、またまたリンゴを買ってきた。今度はホウレンソウの代わりにリンゴの果肉片を入れ、リンゴ果肉の糖度変化でエチレンを調べることにした。糖度ならば、色よりもはっきり変化が出ると思われた。
糖度計は、果汁を入れることで測定を行う仕組みだったため、果汁を多く含んでいるリンゴは測定に適していた。ただ、この方法では測定ごとに果肉片をすったり潰したりするため、段々果肉片が目減りしていく。そこで、測定は1日おきではなく3日おきとした。今まで保管と測定は私が行っていたので、今度はA君に保管を頼んだ。我々は3度目のリスタートを切った。これに失敗したら、もうやり直せる時間はないだろう。これが最後のチャンスだった。

後日、私はA君から「リンゴ果肉が乾燥してしまい果汁を取ることができなかった。測定は無理だった」という報告を受けた。A君がどんな環境で保管していたのかはよく分からない。

我々は実験にことごとく失敗した(*2)。もはやこれ以上の実験は不可能だと判断し、2人でこれからどうするか話し合った。その結果、我々は最初の実験でカビる直前までのデータを使って論文を書くことにした。全然色の変化がなかった2回目と比べ、多少なりとも黄色くなる兆しが見られた最初の実験の方がマシだろうと考えたのである。
度重なる実験の失敗で、私はすっかり疲弊していた。平日で最も授業が少なく楽だった曜日が木曜日だったが、その楽さは実験準備に追われ潰れてしまった。更に、なるべく時間を見つけて線形代数を自習していたが、学習しても学習しても授業に追いつけず(*3)、7月に控えた試験から重圧を強く感じるようになった。しかし、成績は容易に揚らず、生活は日を逐うて苦しくなる(*4)。平日の余裕が失われたしわ寄せは土日が受けた。土曜日はサークルに行くことが多かったが、それもやめてしまった。日曜日の深夜にALESSの課題を行うことは常態化し(*5)、そのため遅刻も毎週になった(*6)。
この頃になると授業で何をやっていたのかあまり覚えていない。ピア・レビューのため書き進めた論文をプリントして持ってくることになっていたが、一度文字化けして読めない論文を持ってきてしまったことは記憶にある。せっかくやった課題の提出を忘れていたこともあったと思う。

我々は実験をギリギリまでやっていたため、普通ならば実験データを解析し終わっていなければならなかったが、まだ手をつけていなかった。画像解析ソフトを利用し、葉の部分を色をRGBに分解した(*7)。R+Gが黄色であるから、初めはRよりGの方が大きく、その後Rの値が増えればより黄色くなったと言えそうである。結果をグラフにまとめてみた。そのうちの一つ、「皮」についてのデータを次に示す。

「皮」グループのほうれん草の色の変化。青が初日、赤が4日目。
解析してみるまでもなくわかっていたことだが、ほとんど変化がない。また、1グループあたり3枚の葉を入れていたが、3つしかないデータの平均を取ってエラーバー(*8)をつけると、それはそれは大きくなってしまうのだ。エラーバーがあまりにも大きすぎて何も言えることがない。もはや変わっているどころか変わっていないとも言えない。他の3グループについても同様だった。
「何もわからなかった」ではどうしようもないので、とりあえず微妙な差を取り出して適当に論じて(*9)考察を終えた。そして私の論文が出来上がった。

論文が出来上がってもまだALESSは終わりでない。最後に、論文に基づいてグループごとに英語で発表することになっている。
このころの私の生活はひどいものになっていた。まず、掃除する余裕を失っていたことで部屋が汚くなっていた。季節は7月の頭。汚い部屋と夏の暑さが合わさって大量のハエが部屋に発生していた。とても衛生的とは言えそうにない。更に、ALESSの課題が主な原因となって日曜日に夜更かしを繰り返したため、生活リズムが歪んで夜にうまく眠れなくなっていた。私が論文を完成させたのも、午前6時前のことであった(*10)。
日々の疲れ、不規則な生活習慣、不衛生な住環境などの条件が揃った結果、私は風邪をひいた。ALESS-programを作った英語部会が決定的に嫌いになったのは、確かこの時だっただろうか。数日間を療養で潰し、無理をすれば(*11)出席できるようになった。それでも喉は痛かった。休日が潰れたのでまともに練習もできておらず、ぶっつけ本番の発表となった。
発表の結果は散々だった。声がまともに出なかったことと練習の不足のために時間を大きく超過してしまい、重要な部分をうまく説明できず発表が終わってしまった。
かくして私のALESSは幕を閉じた。それは期末試験の足音が近づく、夏の日の出来事だった。(続く)

(*1)これは何を意味しているのか?我々が実験を何度もやり直しているうちに、実験をやっておくべきシーズンは過ぎてしまい、ALESS-labの利用者もめっきり減っていたのである。この辺り、一回あたり1週間もかかる実験だったことが災いした。
(*2)「結果の分からない」実験をしろと言われて結果の分からない実験をしたのだから、失敗が起こるのは当たり前である。もちろん、結果が当初に想定していたものと異なっていたとしても、その旨を報告すれば全く問題ない。それはそれで面白い結果であろう。しかし、我々の失敗はもっと根本的な失敗であり、データが満足に取れないという出来事が続いてしまった。ALESSはそうした失敗を許容するように設計されていない。「数字の出る」実験が要請されている以上、「数字を出せなかった」実験は用無しも同然だ。実はALESSでは「結果の分からない」実験をしろと言われて「本当に結果の分からない」実験をしてはいけないのである。まことに茶番だといえよう。
(*3)これは、戸瀬教員の教え方が少なくとも私に合っていなかったことが背景にある。先生は一般的な線形代数の教え方とは異なる順番で教えていたため、授業で何をやっているのか理解しがたく、その上参考書を借りて読んでも授業の内容がなかなか出てこないという状況に陥った。
(*4) Atsushi, N. (1942) Sangetsuki. Bungakukai.
(*5)課題の提出期限は月曜日の朝6時だった。
(*6)毎週5分遅れていた。出席を取る時、先生は私がいないことを確認して"Ah, he will come in five minutes."と言っていたそうだ。
(*7)私がパソコンに画像解析ソフトを入れようともたもたしているうちに、この作業は全てA君が手際よくやってくれた。大変ありがたかった。
(*8)エラーバーはデータの不確かさを表す。次に実験を行った時、エラーバーの中に95パーセントの確率で値が収まる。エラーバーが大きいというのは、値がぼやけているということである。そういえば、予習ビデオか授業でエラーバーの説明を受けたことは覚えている。課題は厳しかったが、先生の説明がわかりやすかったのは確かである。
(*9)科学的にはいい加減な内容ではあるが、なんとか結論らしきものを引き出そうと私なりに頑張って書いた。学生のALESSに対する取り組みを支援する組織にはALESS-Labの他にKWS(Komaba Writer's Studio)というものがある。ALESS-labが実験の面から学生をサポートするのに対して、KWSは英語の面からサポートしてくれる。具体的には、書いた論文を持って行くと、TAの方に読んでもらってどうすれば論文がより良くなるか一緒に議論してくれる。私は空きコマの合間でKWSに行って考察部分を読んでもらった。しかしKWSに行ったところで、私の考察における根本的な問題は解決されるものでもなかった。
(*10)高校時代は部活で天文をやっていたが、観測の日でさえ午前3時過ぎには寝ていたものだった。部活を引退してからというもの、早く寝て長い睡眠をとる生活を1年ほど続けていたのもあって、睡眠に関する問題はストレスとなっていた。大学生は平気で徹夜をするようだが、よくやるものである。
(*11)Final Presentationを欠席でもすればどれほど点が引かれるか分かったものではないと思った。冷静に考えれば、おそらく教員にメールを送って次週にずらしてもらうのが正解だったのだろう。

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Arduous Learning of English for a Science Student (5)
Arduous Learning of English for a Science Student (Appendix)